Le programme de recherche du centre comporte deux composantes principales :
(i) les projets de recherche particuliers à chaque pôle/équipe/laboratoire et (ii) un projet fédérateur de toutes les structures du Centre.
(i) Dans un premier temps les thèmes sur lesquels travaillent les équipes composant le CERGéo doivent être restructurés et recadrés dans un programme de recherche opérationnel et cohérent par lequel le centre peut présenter une certaine visibilité. Progressivement, le programme de recherche sera adapté et complété, pour répondre aux ambitions proclamées dans le dossier d’accréditation et à celles des équipes qui rejoindront le Centre.
(ii) Cependant, le Centre souhaite gagner plus en visibilité et en pertinence et surtout justifier son existence et son évolution future en dégageant des thèmes fédérateurs transversaux à toutes les structures qui le composent. Dans un premier temps (au cours de sa première année d’existence) un thème fédérateur sera défini à côté des thèmes propres à chaque équipe.
L’un des objectifs du Centre est de tendre vers des programmes de recherche plus fédérateurs que particuliers à chaque structure.
Les thèmes de recherche ont trait à l'homme, à l'environnement et à l'espace et au développement en général et chaque programme quadriennal doit indiquer de façon précise la liste des thèmes et sous-thèmes traités, leurs timing et leurs livrables, ainsi que quelques indicateurs pouvant aider à l’évaluation.
