A côté du directeur du CERGéo et du comité de gestion, le principal organe du centre est le Comité Scientifique.
Ce comité comprend le directeur du CERGéo, les représentants de toutes les équipes qui composent le centre et deux éminentes personnalités scientifiques en les personnes des professeurs Mohamed Naciri et Ismail Alaoui.
L Comité Scientifique est chargé du suivi de l'activité scientifique du CERGéo et notamment d'évaluer, puis d'adopter les propositions de programmes de recherche, mises en place par les équipes. Il se réunit au moins deux fois par an ; il est chargé de la programmation des actions et du suivi. Il :
- définit les priorités de recherche du Centre ;
- élabore sa stratégie et sa politique scientifiques ;
- élabore son budget, son plan d’action et ses dépenses annuelles ;
- veille à l’exécution des programmes et projets de recherche conduits par le Centre ;
- planifie et organise les manifestations scientifiques ;
- définit la nature et le contenu du partenariat universitaire, du partenariat avec le secteur socio-économique et avec les établissements et organismes nationaux et étrangers ;
- définit la politique de communication et d’information du Centre et veille à son exécution ;
- veille, dans la mesure du possible, à la valorisation des résultats de ses recherches et à leur publication ;
- élabore le bilan des activités du Centre ;
- statue sur les demandes de formation de nouvelles équipes au sein du Centre;
- Etablit un programme de recherche quadriennal (voir article 8)
